PostgreSQL をソースコードからインストールしているケースでは、configure スクリプトのオプションを変更して再ビルドすることがあります。例えば、初回は configure のオプション無しでビルドしたが、--enable-debug オプション付きで再ビルドしたい、といったケースです。
このように PostgreSQL の configure オプションを変更して再ビルドする際には make distclean を実行すべきです。
PostgreSQL のマニュアルから該当箇所を引用します。
構築作業を行った後でconfigure用オプションが間違っていることに気付いた場合や、configureの調査結果に何らかの変更を加えた場合（例えば、ソフトウェアのアップグレードなど）、再設定と再構築の前にmake distcleanを行うことをお勧めします。 さもないと、設定選択肢の変更は、必要なところ全てには反映されない可能性があります。
17.4. インストール手順
ここでは「お勧め」と表現されていますが、make distclean を実行しないと、--enable-debug オプションの追加が反映されないという事象に遭遇しました。ビルド自体は成功してしまうのも厄介なところです。
また、マニュアルでは configure スクリプトの実行後に「ソフトウェアのアップグレード」を行った場合でも、make distclean の実行をお勧めしています。
PostgreSQL の調査や学習の際には同じソースツリーから何度もビルドすることがあります。2回目以降のビルドの際は make distclean を行うのが良いかもしれません。
